نوع سازماندهی کسب و کار بر مبلغ مالیاتی که می‌پردازد، موثر است. تشکیلات سازمانی بنگاه بر بدهکاری مالکان نیز اثرگذار است، یعنی روش سازماندهی کسب و کار به این سوال پاسخ می‌دهد که چه کسی باید بدهی سازمان را بپردازد. در ادامه به اختصار درباره چهار نوع مختلف مالکیت واحد تجاری صحبت می‌کنیم.
موسسات تک مالکی
مالکیت موسسات تک مالکی بر عهده یک فرد است. این ساده‌ترین نوع سازماندهی واحد تجاری است. از نقطه نظر قانونی یک موسسه تک مالکی هیچگونه تشریفاتی برای ثبت اداری ندارد و فعالیت موسسه به سادگی آغاز می‌شود.
درآمدها و مخارج موسسه تک مالکی در اظهارنامه مالیاتی شخصی مالک اعلام می‌شود. به این مفهوم که هیچ تفکیک قانونی بین مالک و کسب و کار او وجود ندارد. عدم تفکیک قانونی بین مالک و کسب و کار، تفاوت موسسات تک مالکی با شرکت‌های سهامی است. از جمله نکات مثبت این نوع کسب و کار می‌توان به سادگی اشاره کرد و از بزرگترین اشکالات آن این است که بدهی موسسه تک مالکی، بدهی شخصی مالک محسوب می‌شود. همه دارایی‌های مالک اعم از اموال شخصی و مرتبط با کسب و کار وی برای بازپرداخت بدهی شرکت قابل استفاده است.
شرکت تضامنی
این نوع موسسات تحت مالکیت دو یا چند شریک است. معمولاً شرکاء مدیریت را واگذار کرده و سود حاصل را تقسیم می‌نمایند. این نوع واحد تجاری در شروع به سادگی موسسات تک مالکی است. هرچند اغلب شرکاء اسناد مالکیتی، مدیریتی و تقسیم سود را نگهداری می کنند، این نوع شراکت نیازمند تشریفات اداری و رسمی نیست. تعدادی از تشریفات سازمانی این نوع شراکت عبارتند از: انتخاب متصدی برای امور مختلف، برگزاری جلسات و ثبت و ضبط روابط تجاری؛ گرچه از نظر قانونی اجباری در انجام این امور نیست.
از نقطه نظر مالیاتی، درآمد شرکت تضامنی در اظهارنامه مالیاتی هر یک از شرکاء اعلام می‌شود. درآمد شرکت تضامنی میان مالکان تقسیم می‌شود؛ مانند موسسات تک مالکی دارایی‌های شخصی و مرتبط با کسب و کار هر یک از شرکاء برای بازپرداخت بدهی شرکت قابل استفاده است.
شرکت سهامی
شرکت سهامی یک نهاد قانونی مجزاست که برای تجارت تاسیس شده است. شرکت سهامی از دید قانونی، یک شخصیت حقوقی مستقل است. یعنی شرکت سهامی می‌تواند مستقل از مالکان خود، قرارداد منعقد کند، وام بگیرد، سهام منتشر کند و شرکت‌های دیگر را خریداری کند. شرکت‌های سهامی مالیات هم می‌پردازند. در موسسات تک مالکی و شرکت‌های تضامنی امکان اقامه دعوا علیه خود واحد تجاری فراهم نیست و می‌بایست علیه مالکان اقامه دعوا شود اما در شرکت‌های سهامی می‌توان علیه شرکت اقامه دعاوی نمود. از طرف دیگر بدهی شرکت به عنوان بدهی مالکان تلقی نمی‌شود.
برخلاف سادگی تشریفات اداری موسسات تک مالکی و شرکت‌های تضامنی، شرکت‌های سهامی باید برخی قوانین را رعایت کنند مثلاً باید محل ثبت مشخصی داشته باشند. توجه داشته باشید که مالکان شرکت سهامی، سهامدار نامیده می‌شوند.
"مسئولیت محدود" در شرکت سهامی به این مفهوم است که برای بازپرداخت بدهی‌های شرکت فقط می‌توان از دارایی‌های شرکت استفاده کرد؛ مگر آنکه بدهی شرکت توسط یکی از مالکان یا کارمندان شرکت تضمین شده باشد. در این صورت مسئولیت بدهی بر عهده آن فرد است و باید از محل دارایی‌های شخصی خود، آن را بازپرداخت کند. مادامی که مالکان و کارمندان در حیطه وظایف شرکتی خود عمل کنند و قصد کلاه برداری نداشته باشند، این اصل، تمامی داوری های دادگاه در برابر دعاوی مطرح شده علیه شرکت را پوشش می‌دهد. به همین دلیل است که این نوع ساختار شرکتی در جهان بسیار متداول است.
مالیات بر درآمد شرکت سهامی
درآمد شرکت‌های سهامی مشمول دو نوع مالیات قرار می‌گیرد. اول، درآمد شرکت بر اساس نرخ مالیات بر درآمد شرکتی مشمول مالیات می‌شود، سپس اگر سهامداران سود تقسیمی دریافت کنند باید مالیات آن را با نرخ مالیات بر درآمد شخصی پرداخت کنند. سهامدار از پرداخت مالیات نوع دوم در ایران معاف است.